日本尚未签署投降书时，美国国务院和麦克阿瑟通过往来电报和信使，就已经达成一致意见，确定了美国政府的对日政策。8月29日，一份名为《日本投降后初期美国对日政策》给前往日本途中的麦克阿瑟。该文件声称美国对日本的终极目标是：……确保日本今后不再成为美国的威胁，不再成为世界和平与安全的威胁，最终建立一个和平与负责的政府，该政府将尊重他国的权利……盟国并无责任强加给日本以任何形式的、未得到人民自由表达的意志支持的政府……鉴于日本社会当前的形势，以及美国希望使用最低限度的军队和资源达到其目的，最高统帅将通过包括天皇在内的日本政府机关团体行使其权力……这一政策旨在利用日本现存的政府形式，而不是支持它。
正是根据这项政策，麦克阿瑟开始执行他改造日本的计划：解除武装，惩办战犯，进行土地改革，解散财阀，实行宗教、出版自由，解除党禁，改革教育制度，解放劳工和妇女。一方面将旧日本种种丑恶落后的特征消灭干净，一方面为新日本的民主化培植基础。
麦克阿瑟面临的要任务就是使日本非军事化，解除日军的武装。战争结束时，日本有近7oo万军队需要遣散，其中在海外的有4oo余万。麦克阿瑟通过撤消原日本陆海军省后新设立的第一、第二复员省，用了一年多的时间才完成这项工作。销毁日本军事装备的任务是由驻日的美国第第49集团军来完成的。他们用了几个月的时间去寻找能现的所有武器，炸毁了弹药库，烧掉了飞机，把步兵武器扔入大海或者运送到中国，关闭军工厂并将部分设备作为象征性赔偿交给中国和苏俄，摧毁海军基地和军用机场等军事设施，总值达数十亿美元。
与这项解散陆海军和解除武装同时进行的还有清洗军国主义分子的措施。1946年1月4日，盟军总司令部向日本政府提交了一份清洗计划，列举了要求“罢免和清洗”的七类人：第一类为战犯；第二类为职业军人和陆海军部特别警察和官吏；第三类为极端民族主义、暴力主义和秘密爱国团体的主要成员；第四类为参与大政翼赞会、翼赞政治会和大日本政治会活动的主要分子；第五类为同日本扩张有关的金融机构和开机构成员；第六类为占领地行政长官；第七类为其他军国主义者和极端民族主义者。上述人员均被要求免去公职，剥夺其竞选议员的资格，以排除其对政治的影响。这次清洗涉及人数约22万人，其中18万为旧军人。同时，约13oo个国家主义的而且是军国主义的团体、组织被解散了，甚至旧军人的遗属领取抚恤金的权利也被剥夺了。
在这一系列铲除日本军国主义势力的措施中，最引人注目的就是逮捕与审判战争罪犯了。
第1骑兵师的8ooo名官兵的陪同下，进驻东京，随即展开了逮捕战犯嫌疑人的工作。
早在1944年11月，美国就指令同盟国战争罪行调查委员会远东太平洋小委员会在重庆制定日本战犯嫌疑人名单。该委员会于1945年9月7日列出了总计342名日本战犯嫌疑人名单。不过，该名单是按照与同盟国战争罪行调查委员会伦敦总部甲至丙级战犯标准不同的分类法列出的，其具体内容基本上是相当于乙丙级标准的日军在中国大陆的残暴行为，对确定甲级战犯事宜的帮助不是太大。
日本人此时也极为不安，他们很想早日知道具体名单。于是，东久迩内阁便放出3来，表示希望同盟国从公布战犯嫌疑人名单。在华盛顿和日本人的催促下，麦克阿瑟责成盟军总司令部情报处长威洛比将军与艾克尔伯格将军率领的宪兵合作，组成了战争罪行调查局。第一批38名战犯嫌疑人的名单。东条英机是甲级战犯的第一名。这个双手沾满中国人民和亚洲其他国家人民鲜血的法西斯头子，早就料到自己可悲的结局。不过，他还存有侥幸心理。3周前，日本内阁讨论投降时，他就多方进行阻挠，并于8月12日偷偷与阿南惟几和火田俊六两名战犯进行串连，并要他们作证，他所打的是一场“自卫战争”。
9月12日，这个头号战犯还故作镇静。当一群新闻记者来到他在世田谷的寓所时，东条正大模大样地坐在一张大书桌前写东西。室内布置依然如故：正面挂着一幅这位前相穿军礼服的全身像；另一面墙上挂着一张马来亚某崇拜者送的虎皮。故意摆出一幅威3凛凛不可一世的样子。
听说要逮捕东条，外边的人越来越多，新闻记者们竟涌进花园。到下午3点前后，人声鼎沸，几乎水泄不通。东条叫他夫人带着侍女立刻离开家里，孩子们早就搬到九州去了。东条夫人不愿离开。“多多关照自己。”她说，怕他会自杀。“请多多关照自己。”她又说一遍，鞠了一躬。他只含含糊糊地答应了一声。
东条夫人带着侍女从后门出去，绕过围墙，上了街道，朝汽车道走去。前面乱七八糟挤满了车和人，使她无法看见自己的家。于是，她走进街对面一幢房子的花园里。这幢房子地势较高，是铃木医生的家。早些时候，铃木医生曾用木炭在东条的胸部给他画出心脏的位置。她从围墙上面看过去，美**人、宪兵已把她家包围。有个美**官在喊：“告诉这个狗杂种，我们等的时间够长了。把他带出来”猛然间，她听见一声沉闷的枪声。士兵们开始向屋内冲去。即使身在街道的另一边，她也能听到木板破裂的响声。那时是下午4时17分。
保罗;克劳斯少校和执行逮捕的人，以及跟在后面的记者们冲进东条的办公室。东条没穿外衣，摇摇晃晃地站在一张安乐椅旁，鲜血浸透了他的衬衣。他右手还拿着一支o.32口径的科尔特自动手枪，枪口对着冲进来的人。
“别开枪”克劳斯喊了一声。
东条并没有表示他听见喊声，但是手枪当啷一声落到地板上，东条身不由己地倒在椅子上。他向一个跟进来的日本警官示意要水喝。一杯水他几口便喝光了，还要喝。
4时29分，东条的嘴唇动了。陪同记者前来的两名日本翻译开始记录东条的话。“要这么长时间才死，我真遗憾。”他小声说。他的脸痛苦地抽搐着，但人们看着他毫不同情。“大东亚战争是正当的、正义的，”他说，“我对不起我国和大东亚各国所有民族。我不愿在征服者的法庭上受审。我等待着历史的公正裁决。”他的声音稍大了一些，但吐字并不完全清晰。“我想自杀，但自杀有时候会失败。”子弹几乎一丝不差地从铃木医生在他胸部所标的位置穿进去，但就是没有打中心脏。颇具讽刺意味的是，子弹刚巧错过了他那颗畸型的细长心脏。美军宪兵叫来医生，给他缝好前胸后背的贯通伤口后将他送往医院，在那里给他输了几位美国士兵献的血。东条逐渐恢复了健康，不得不接受同盟国的审判。
12日，日本内阁匆忙通过一项决议：由日本自己的司法机构抢在盟国审判之前逮捕并审讯战犯嫌疑人。东久迩相奏请天皇裕仁批准这项决议，却遭到拒绝。天皇声称这些战犯都是竭尽忠诚的人，不忍心以自己的名义加以处置。东久迩为了表示日本政府的存在，仍然要求从美军那里接过逮捕战犯嫌疑人的任务，然后再将其转交给美国宪兵。这一建议立即遭到了盟军最高司令部的否决。
同一天，尚未被列入逮捕名单的杉山元元帅在第1总军司令部里开枪自杀。
前东条内阁的厚生省大臣小泉亲彦和前近卫内阁的文部省大臣桥田邦彦二人双双服毒自尽。
有着“东条的副官”之称的前东条内阁海军大臣海军大将岛田繁太郎被美军宪兵从家中带走。
渐渐地，第一批剩下的战犯嫌疑人除东乡前外务大臣外，都经美军宪兵之手，送往横滨刑务所了。东乡茂德是因心脏病由美军军医诊断后，被允许在自己家中受监禁的。在这些人自前，内大臣木户幸一侯爵的秘书向他们其中最重要的人物传达了天皇的“慰问”之情。
第二批战犯嫌疑人的名单转给日本政府，其中有前相广田弘毅等与右翼势力有关系的人，内阁书记官长绪方竹虎也名列其间。重光外相急忙赶赴盟军总司令部，声称逮捕重臣和内阁阁员并不稳当。结果，绪方的名字被去掉了，但是，盟军对东久迩内阁的不信任情绪已流露出来。
为此，内阁里出现了“战时内阁的阁僚必须去职”的呼声。当时，东久迩内阁里有近卫、米内和重光三人曾任战时内阁阁员。米内倒是想辞职，但是，近卫和重光却以为自己在战争末期曾遭主战派的迫害，因而不会遭致盟军仇视。尤其是重光，一手包揽了与盟军联络的工作，不把其他阁僚放在眼里。结果，在17日的内阁改组中，重光外相被吉田茂替代。
19日，盟军总司令部命令美军宪兵，将以荒木贞夫陆军大将为的11名战犯嫌疑人逮捕后关进巢鸭监狱，其中有曾任天皇侍卫长和九一八事变时候的关东军司令官本庄繁大将。本庄得知消息后立即自杀身亡。
眼看着逮捕战犯嫌疑人的浪潮日益逼近皇宫，日本统治集团惊慌失措之余开始谋划天皇与麦克阿瑟会晤的问题。他们希望通过此举使天皇摆脱被指为战犯嫌疑人的可能，从而为天皇制的延续创造条件。
由于美国政府已在内部表明，要利用天皇在日本国民心中的威望来改造日本，因此，麦克阿瑟同意与天皇见面。
日本统治集团闻之大喜。27日，天皇一行乘坐四辆轿车，在没有摩托车开道的情况下，前往美国大使馆。麦克阿瑟为了显示自己的身份，只在二楼会议厅的门口迎接天皇。随后，他们两人通过奥村胜藏的翻译，进行了大约3o分钟的秘密会谈。据麦克阿瑟在其《回忆录》里的记载，天皇表示对因为日本推行战争而生的一切问题和事件负有全部责任。天皇的谦卑态度打动了具有贵族派头的麦克阿瑟，两人的会谈在和谐的气氛中进行。
天皇和麦克阿瑟会谈的具体内容，宫内省和盟军总司令部都予以高度保密。此时，在同盟国方面，苏联和中国都强烈要求废除天皇制，美国国内的一部分舆论也认为天皇应对战争负有责任。因此，盟军总司令部表现得很谨慎，只是向各报社传送了一张天皇和麦克阿瑟的合影。在照片上，身着开领衬衣、身材高大魁梧的麦克阿瑟与身着燕尾服、身材矮小的天皇裕仁形成了强烈的反差，深刻地反映了日本战败后的窘境。东久迩内阁特别召开内阁会议，决定将准备表照片的“朝日”、“每日”、“读卖”三大报纸予以停止行和停刊的处分。
盟军第二天获知此事后，立即以麦克阿瑟的名义出指令，立即撤消对通信及新闻报道所加的一切限制。29日当天下午，登载着那张照片的报纸就与日本国民见了面，在很少有机会看清天皇模样的国民心中引起了强烈的震动。
东久迩内阁虽然在盟军总司令部的压迫下，被迫作了一些改革，但其反动的本性依然未改变。内务大臣山崎严声称，充满法西斯色彩的《治安警察法》的精神应予以保存，仍然要取缔有损国家组织的言论和行动，对释放政治犯也不予考虑。
盟军不能容忍山崎的倒行逆施。1o月4日，盟军总司令部突然下令立即释放政治犯，废除思想警察(特别高等课)，罢免山崎内务大臣、警察脑和处理思想案件的检察官。第二天，东久迩内阁被迫总辞职，由74岁的老资格政治家币原喜重郎出任新相。
1o月6日，即币原相开始组阁的那天，麦克阿瑟收到了华盛顿的简明答复：“立即继续拘捕战犯……未经进一步协商，不得采取有损于天皇的行动。”第四批59名战犯嫌疑人名单，其中包括以皇族梨本宫守正亲王为的原相平沼骐一郎、高级特务儿玉誉士夫等人。币原内阁曾经恳请盟军总司令部暂缓逮捕72岁的梨本宫亲王，但遭拒绝。更令日本统治集团吃惊的是，四天后，包括近卫公爵、内大臣木户幸一侯爵在内的9人也收到了逮捕令。天皇的亲属和近臣相继被逮捕，一时间让人预感到似乎天皇也在所难逃。
16日，曾经三次组阁、对动侵华战争负有不可推卸的责任的近卫文在他的宅邸“荻外庄”服毒自尽，逃脱了远东国际军事法庭的审判。
虽然看上去天皇的好日子似乎就要到头了，但是，直到美国人在战后与日本人做了大量肮脏交易的刘建业明白，如果照目前的形势继续展下去，天皇的罪责会在东京审判的过程里中被有意的掩盖下去，并由其他的战犯们承担。这种局面对于渴望把天皇送上军事法庭受审的刘建业来说，是绝对不能接受的。
刘建业为了要对美国政府和麦克阿瑟将军施加强大的舆论压力，不得不从幕后站到前台。
在刘建业的授意之下，中国驻日占领军总部连续多日召开记者招待会，连续向全世界各主要通讯社爆出猛料。
“这些文件都是我们从日本皇宫的御文库和相府的内阁文库里搜查到的。这些文件主要是日本最高决策会议——御前会议的会议记录。文件的内容是关于日本策划并动珍珠港事件的决策过程。”
“这些文件是日本大本营出的大陆命和大海命的文件存档。这些都证明了日本在战争中的每一次大规模军事行动，都是得到了日本天皇的许可和批准。”
“这些文件是日本皇宫御文库保存的日本天皇从天皇本人的私人账户对日本从事细菌战和化学战拨款的证明文件。这直接证明天皇本人不但对于日本在战争期间从事细菌武器和化学武器研究不但知情，而且大力支持。”
“这些文件是日本皇族成员对日本设立在中国东北的从事细菌武器研究和生产的秘密部队进行视察和指导后给日本天皇本人提交的报告。这些文件上都有日本天皇本人的签字和私人印章。”
“这些文件是日本军部向天皇请示如何处理大批同盟国战俘的报告。文件上还有日本天皇对处理战俘的意见。”
“这些文件是日本军队在中国都南京进行大规模的惨无人道的大屠杀以后，日本天皇对如何应对国际舆论压力，隐瞒事实所作的指示。”
“这些文件是日本天皇对九一八事变，一二八事变，卢沟桥事变和南京大屠杀的元凶授勋的证明文件。”
诸如此类的文件接连被刘建业向世界公开，使得各大通讯社的记者们忙得不亦乐乎。
世界舆论也被这些文件所揭示出的事实所震惊。爱好和平的善良人们很难想象一个国家的政府竟然以国家的名义作出了这么多的违反人类所有良知的行为。贼还捉贼，屠杀，虐待战俘，慰安妇，非法强征劳工，化学武器，细菌武器，活人试验，这些只有在最恐怖能出现的画面一个个的被这些公开出来的文件所展现出来。
人们很难理解，这样的一个国家还有什么形象可言？这样的一个国家的国家元为什么还没有被列入战犯名单？
社论，谴责，游行，抗议，尤其是在美国本土上，大规模的民众抗议游行相继在全美的各大城市爆。一些战功卓著的将军也公开表声明，对于日本天皇至今仍然逍遥法外，深表不解。
迫于强大的国际压力，美国总统杜鲁门被迫在白宫南*坪向记者公开表示，盟军驻日最高司令部将对日本天皇的战争罪行予以全面而深入的调查，只要有足够的证据，天皇本人将难以逃脱被送上法庭受审的命运；日本天皇的受审，不代表日本皇室被推翻，日本可以通过另外推选一位天皇的方式解决皇室危机。
而刘建业并没有打算就此收手，只要日本天皇一天没有被送进巢鸭监狱，他是一天也不打算停下。
为了继续施加压力，刘建业每天上下午都要召开一次记者招待会，向等候着的记者们公开一批刚刚整理出来的文件。这些文件无一例外的都是直接指向日本军队和政府的战争罪行，以及日本财阀利用战争强行在受到日本侵略的各国掠夺资源，大战争财的罪行。文件里面相当多的部分都表明日本皇室与这些罪行有着直接或者间接的关系。最惊人的就是日本在战争期间把大量的从东亚和东南亚国家掠夺的黄金珠宝等隐藏在菲律宾山区，试图供以后东山再起之用的“金百合计划”。
所谓“金百合计划”是日本为在战后侵占东亚12国财富而由日本皇室在菲律宾亲自参与的财富侵吞活动，他们将大量的黄金埋藏于诸多岛屿的同时也埋葬了众多参与其中的劳工。
在1895年至1945年间，日本从中国掠夺的财宝最多。日本对中国的掠夺从东北开始，然后波及上海、南京和全国数百个城镇，中国价值数十亿美元的金块、财宝、钻石、色彩多样的宝石、瓷器、艺术品、远古化石、无价的线装典籍、宗教文物和祖传宝贝都成了日本人的囊中之物。除中国内地外，从中国香港地区到新加坡、从马尼拉到雅加达，几乎海外所有华人的居住区也遭到了同样的命运。
文件显示，在二战期间，日本天皇曾经派其叔父到中国抢劫财宝；日本掠夺中国财宝至少包括直接的战争行为、黑吃黑的“黑社会”行为和打着民间搜集幌子的行为；战争期间，日本掠走的中国财宝不计其数，并将其藏匿在菲律宾。
中国人有着喜欢私下里收藏财富的习惯。日本为了得到这些民间财富，曾与中国黑社会合伙打劫，遂造成中国2o世纪三四十年代民间财富大量流失，而且，流失的度和规模前所未有。据文件披露，1937年，日本天皇裕仁及其顾问建立了“金百合”皇家组织，成员包括金融、会计、簿记、船运专家及各种宝物专家，该机构由皇族成员监督，通过操纵日本军队和黑社会来实行，该组织就像挤牙膏似地榨取中国财富。
日本进攻南京前，裕仁天皇将其叔父朝香宫鸠彦亲王派到中国指挥作战。朝香宫鸠彦对手下的命令就是：“给中国兄弟一次永远也不会忘记的教训。”南京大屠杀生。与此同时，“金百合”正在实施，由天皇弟弟秩父宫亲王负责。
在南京，金百合行动第一批执行者就是日本宪兵队。宪兵特别行动小分队扣压中国政府财产，炸开银行库房，抢劫富裕人家的黄金、珠宝、艺术品和货币。书中说：“在这一阶段，秘密宪兵至少搜集了6ooo吨黄金。对这个问题的文件显示，官方报道的掠夺数量往往只是实际数目的一个零头。另外还有无数中国人喜欢储存的小金块、白金、钻石、红宝石、蓝宝石、艺术品和古董也遭抢劫。这些都来自私人家庭和农村的坟墓。日本人做得如此彻底，甚至把尸体镶的金牙也敲下来。”
被抢劫后的中国财宝由上海直接船运日本，或由火车、汽车运往“满洲”处理，稀有金属进行分等，其他的饰被融化后，重新浇铸为统一尺寸的金锭，然后再运回日本。在这个阶段，有数名皇族成员参与监督和执行任务，其中包括天皇的兄弟朝香宫、秩父宫、三笠宫和竹田宫等人。
在南京成为废墟时，中国珍贵藏书、文件等还被严密保护。后来，曾有1ooo多名日本专家来到南京，为日本皇家图书馆优先挑选最珍贵的物品，天皇曾亲自过目最珍贵物品的目录。选中的物品都被一一编号和打包，然后放入防水的箱子里。大约23oo名中国劳工为物品打包，4oo名日本士兵监督，曾用3oo多辆卡车把这些箱子运往上海，然后装船。
这些书的一部分被用来建立位于东京的东亚研究所、东方文化研究所、东亚经济研究所、东亚地方病研究所、大东亚图书馆等。日本至少有17处地方存放这些战时抢来的书籍，其中有日本皇宫、皇室内宫、靖国神社、东京科学博物馆、东京美术学院、早稻田大学、东京帝国大学和庆应大学。保守结论是，日本有3oo万册从中国各地图书馆抢来的珍贵图书和手稿。今天的学者们称日本的图书馆是亚洲最好的，因为日本仅归还了其抢来的图书中的一小部分，大约16万册，不足6%。
日本军方还专门派遣黑社会老大儿玉誉士夫到中国，专门打劫中国黑社会的不义之财。儿玉在中国时，出没于上海和南京之间无防的农村，到城镇和村庄，召集地方士绅，强迫地方把财产“捐献”给天皇。在战争初期，儿玉在飞往日本的飞机上装了太多白金，起飞前起落架曾被压垮。后来，他只搜集最大粒、最优质的红宝石、蓝宝石和钻石，这些储存运回日本时要方便得多。
此外，一些日本大亨也在干同样的勾当，其中就包括住友公司总裁。
这个罪恶计划，开始的时间恰好就是南京大屠杀期间，计划组织者是日本的皇室成员。他们有计划地把亚洲各国的黄金字画、宗教文物运送出国，藏宝的地点选在菲律宾。许多帮着运送宝物以及挖掘地洞的各国劳工与士兵，最后也被杀人灭口，使得这些藏宝之地显得扑朔迷离。这175个皇家藏宝金库，成为日本准备应对战败以后重新崛起的资金保障。
这些文件的披露，使得东南亚各国一片哗然，尤其是作为受日本侵略伤害最深的中国政府立即据此向美国政府和菲律宾政府以及盟军驻日最高司令部提出交涉，要求盟军命令日本必须尽快无条件交换这些被掠夺走的财富。
尽管日本政府和皇室对此进行了多次的抵赖，狡辩说这些文件是中国驻日占领军伪造的，是要给日本政府和皇室的脸面抹黑。但是，一个已经在国际舆论面前彻底没有了形象可言的国家政府和皇室所说的话，还有多少人会相信呢？
针对日本政府和皇室的抵赖狡辩，刘建业并没有直接回击，而是连续不断的继续爆料。一份份的文件向世人显示，究竟是谁在胡扯，是谁在说谎？
这个时候，美国政府也不得不打消了原本的与日本合作吞没这笔带着血的财富的计划，公开表示，将对此进行深入细致的调查，并将在现这些财富以后，将其归还给受到日本掠夺的亚洲各国。
虽然，刘建业的行动获得了意料之中的效果，但是，他的行为也不可避免的触及了美国人的利益，使得他原本与美国人之间的良好合作关系开始产生了一些外界不易察觉的微妙的变化。
12月6日，被任命为国际检察团席检察官的美国人约瑟夫;季南率领手下38人飞抵厚木机场。8日，日军偷袭珍珠港4周年纪念日，麦克阿瑟任命基南为盟军总司令部所属的国际检察局局长，从此加快了对日本战犯嫌疑人的调查取证工作。
正是根据这项政策，麦克阿瑟开始执行他改造日本的计划：解除武装，惩办战犯，进行土地改革，解散财阀，实行宗教、出版自由，解除党禁，改革教育制度，解放劳工和妇女。一方面将旧日本种种丑恶落后的特征消灭干净，一方面为新日本的民主化培植基础。
麦克阿瑟面临的要任务就是使日本非军事化，解除日军的武装。战争结束时，日本有近7oo万军队需要遣散，其中在海外的有4oo余万。麦克阿瑟通过撤消原日本陆海军省后新设立的第一、第二复员省，用了一年多的时间才完成这项工作。销毁日本军事装备的任务是由驻日的美国第第49集团军来完成的。他们用了几个月的时间去寻找能现的所有武器，炸毁了弹药库，烧掉了飞机，把步兵武器扔入大海或者运送到中国，关闭军工厂并将部分设备作为象征性赔偿交给中国和苏俄，摧毁海军基地和军用机场等军事设施，总值达数十亿美元。
与这项解散陆海军和解除武装同时进行的还有清洗军国主义分子的措施。1946年1月4日，盟军总司令部向日本政府提交了一份清洗计划，列举了要求“罢免和清洗”的七类人：第一类为战犯；第二类为职业军人和陆海军部特别警察和官吏；第三类为极端民族主义、暴力主义和秘密爱国团体的主要成员；第四类为参与大政翼赞会、翼赞政治会和大日本政治会活动的主要分子；第五类为同日本扩张有关的金融机构和开机构成员；第六类为占领地行政长官；第七类为其他军国主义者和极端民族主义者。上述人员均被要求免去公职，剥夺其竞选议员的资格，以排除其对政治的影响。这次清洗涉及人数约22万人，其中18万为旧军人。同时，约13oo个国家主义的而且是军国主义的团体、组织被解散了，甚至旧军人的遗属领取抚恤金的权利也被剥夺了。
在这一系列铲除日本军国主义势力的措施中，最引人注目的就是逮捕与审判战争罪犯了。
第1骑兵师的8ooo名官兵的陪同下，进驻东京，随即展开了逮捕战犯嫌疑人的工作。
早在1944年11月，美国就指令同盟国战争罪行调查委员会远东太平洋小委员会在重庆制定日本战犯嫌疑人名单。该委员会于1945年9月7日列出了总计342名日本战犯嫌疑人名单。不过，该名单是按照与同盟国战争罪行调查委员会伦敦总部甲至丙级战犯标准不同的分类法列出的，其具体内容基本上是相当于乙丙级标准的日军在中国大陆的残暴行为，对确定甲级战犯事宜的帮助不是太大。
日本人此时也极为不安，他们很想早日知道具体名单。于是，东久迩内阁便放出3来，表示希望同盟国从公布战犯嫌疑人名单。在华盛顿和日本人的催促下，麦克阿瑟责成盟军总司令部情报处长威洛比将军与艾克尔伯格将军率领的宪兵合作，组成了战争罪行调查局。第一批38名战犯嫌疑人的名单。东条英机是甲级战犯的第一名。这个双手沾满中国人民和亚洲其他国家人民鲜血的法西斯头子，早就料到自己可悲的结局。不过，他还存有侥幸心理。3周前，日本内阁讨论投降时，他就多方进行阻挠，并于8月12日偷偷与阿南惟几和火田俊六两名战犯进行串连，并要他们作证，他所打的是一场“自卫战争”。
9月12日，这个头号战犯还故作镇静。当一群新闻记者来到他在世田谷的寓所时，东条正大模大样地坐在一张大书桌前写东西。室内布置依然如故：正面挂着一幅这位前相穿军礼服的全身像；另一面墙上挂着一张马来亚某崇拜者送的虎皮。故意摆出一幅威3凛凛不可一世的样子。
听说要逮捕东条，外边的人越来越多，新闻记者们竟涌进花园。到下午3点前后，人声鼎沸，几乎水泄不通。东条叫他夫人带着侍女立刻离开家里，孩子们早就搬到九州去了。东条夫人不愿离开。“多多关照自己。”她说，怕他会自杀。“请多多关照自己。”她又说一遍，鞠了一躬。他只含含糊糊地答应了一声。
东条夫人带着侍女从后门出去，绕过围墙，上了街道，朝汽车道走去。前面乱七八糟挤满了车和人，使她无法看见自己的家。于是，她走进街对面一幢房子的花园里。这幢房子地势较高，是铃木医生的家。早些时候，铃木医生曾用木炭在东条的胸部给他画出心脏的位置。她从围墙上面看过去，美**人、宪兵已把她家包围。有个美**官在喊：“告诉这个狗杂种，我们等的时间够长了。把他带出来”猛然间，她听见一声沉闷的枪声。士兵们开始向屋内冲去。即使身在街道的另一边，她也能听到木板破裂的响声。那时是下午4时17分。
保罗;克劳斯少校和执行逮捕的人，以及跟在后面的记者们冲进东条的办公室。东条没穿外衣，摇摇晃晃地站在一张安乐椅旁，鲜血浸透了他的衬衣。他右手还拿着一支o.32口径的科尔特自动手枪，枪口对着冲进来的人。
“别开枪”克劳斯喊了一声。
东条并没有表示他听见喊声，但是手枪当啷一声落到地板上，东条身不由己地倒在椅子上。他向一个跟进来的日本警官示意要水喝。一杯水他几口便喝光了，还要喝。
4时29分，东条的嘴唇动了。陪同记者前来的两名日本翻译开始记录东条的话。“要这么长时间才死，我真遗憾。”他小声说。他的脸痛苦地抽搐着，但人们看着他毫不同情。“大东亚战争是正当的、正义的，”他说，“我对不起我国和大东亚各国所有民族。我不愿在征服者的法庭上受审。我等待着历史的公正裁决。”他的声音稍大了一些，但吐字并不完全清晰。“我想自杀，但自杀有时候会失败。”子弹几乎一丝不差地从铃木医生在他胸部所标的位置穿进去，但就是没有打中心脏。颇具讽刺意味的是，子弹刚巧错过了他那颗畸型的细长心脏。美军宪兵叫来医生，给他缝好前胸后背的贯通伤口后将他送往医院，在那里给他输了几位美国士兵献的血。东条逐渐恢复了健康，不得不接受同盟国的审判。
12日，日本内阁匆忙通过一项决议：由日本自己的司法机构抢在盟国审判之前逮捕并审讯战犯嫌疑人。东久迩相奏请天皇裕仁批准这项决议，却遭到拒绝。天皇声称这些战犯都是竭尽忠诚的人，不忍心以自己的名义加以处置。东久迩为了表示日本政府的存在，仍然要求从美军那里接过逮捕战犯嫌疑人的任务，然后再将其转交给美国宪兵。这一建议立即遭到了盟军最高司令部的否决。
同一天，尚未被列入逮捕名单的杉山元元帅在第1总军司令部里开枪自杀。
前东条内阁的厚生省大臣小泉亲彦和前近卫内阁的文部省大臣桥田邦彦二人双双服毒自尽。
有着“东条的副官”之称的前东条内阁海军大臣海军大将岛田繁太郎被美军宪兵从家中带走。
渐渐地，第一批剩下的战犯嫌疑人除东乡前外务大臣外，都经美军宪兵之手，送往横滨刑务所了。东乡茂德是因心脏病由美军军医诊断后，被允许在自己家中受监禁的。在这些人自前，内大臣木户幸一侯爵的秘书向他们其中最重要的人物传达了天皇的“慰问”之情。
第二批战犯嫌疑人的名单转给日本政府，其中有前相广田弘毅等与右翼势力有关系的人，内阁书记官长绪方竹虎也名列其间。重光外相急忙赶赴盟军总司令部，声称逮捕重臣和内阁阁员并不稳当。结果，绪方的名字被去掉了，但是，盟军对东久迩内阁的不信任情绪已流露出来。
为此，内阁里出现了“战时内阁的阁僚必须去职”的呼声。当时，东久迩内阁里有近卫、米内和重光三人曾任战时内阁阁员。米内倒是想辞职，但是，近卫和重光却以为自己在战争末期曾遭主战派的迫害，因而不会遭致盟军仇视。尤其是重光，一手包揽了与盟军联络的工作，不把其他阁僚放在眼里。结果，在17日的内阁改组中，重光外相被吉田茂替代。
19日，盟军总司令部命令美军宪兵，将以荒木贞夫陆军大将为的11名战犯嫌疑人逮捕后关进巢鸭监狱，其中有曾任天皇侍卫长和九一八事变时候的关东军司令官本庄繁大将。本庄得知消息后立即自杀身亡。
眼看着逮捕战犯嫌疑人的浪潮日益逼近皇宫，日本统治集团惊慌失措之余开始谋划天皇与麦克阿瑟会晤的问题。他们希望通过此举使天皇摆脱被指为战犯嫌疑人的可能，从而为天皇制的延续创造条件。
由于美国政府已在内部表明，要利用天皇在日本国民心中的威望来改造日本，因此，麦克阿瑟同意与天皇见面。
日本统治集团闻之大喜。27日，天皇一行乘坐四辆轿车，在没有摩托车开道的情况下，前往美国大使馆。麦克阿瑟为了显示自己的身份，只在二楼会议厅的门口迎接天皇。随后，他们两人通过奥村胜藏的翻译，进行了大约3o分钟的秘密会谈。据麦克阿瑟在其《回忆录》里的记载，天皇表示对因为日本推行战争而生的一切问题和事件负有全部责任。天皇的谦卑态度打动了具有贵族派头的麦克阿瑟，两人的会谈在和谐的气氛中进行。
天皇和麦克阿瑟会谈的具体内容，宫内省和盟军总司令部都予以高度保密。此时，在同盟国方面，苏联和中国都强烈要求废除天皇制，美国国内的一部分舆论也认为天皇应对战争负有责任。因此，盟军总司令部表现得很谨慎，只是向各报社传送了一张天皇和麦克阿瑟的合影。在照片上，身着开领衬衣、身材高大魁梧的麦克阿瑟与身着燕尾服、身材矮小的天皇裕仁形成了强烈的反差，深刻地反映了日本战败后的窘境。东久迩内阁特别召开内阁会议，决定将准备表照片的“朝日”、“每日”、“读卖”三大报纸予以停止行和停刊的处分。
盟军第二天获知此事后，立即以麦克阿瑟的名义出指令，立即撤消对通信及新闻报道所加的一切限制。29日当天下午，登载着那张照片的报纸就与日本国民见了面，在很少有机会看清天皇模样的国民心中引起了强烈的震动。
东久迩内阁虽然在盟军总司令部的压迫下，被迫作了一些改革，但其反动的本性依然未改变。内务大臣山崎严声称，充满法西斯色彩的《治安警察法》的精神应予以保存，仍然要取缔有损国家组织的言论和行动，对释放政治犯也不予考虑。
盟军不能容忍山崎的倒行逆施。1o月4日，盟军总司令部突然下令立即释放政治犯，废除思想警察(特别高等课)，罢免山崎内务大臣、警察脑和处理思想案件的检察官。第二天，东久迩内阁被迫总辞职，由74岁的老资格政治家币原喜重郎出任新相。
1o月6日，即币原相开始组阁的那天，麦克阿瑟收到了华盛顿的简明答复：“立即继续拘捕战犯……未经进一步协商，不得采取有损于天皇的行动。”第四批59名战犯嫌疑人名单，其中包括以皇族梨本宫守正亲王为的原相平沼骐一郎、高级特务儿玉誉士夫等人。币原内阁曾经恳请盟军总司令部暂缓逮捕72岁的梨本宫亲王，但遭拒绝。更令日本统治集团吃惊的是，四天后，包括近卫公爵、内大臣木户幸一侯爵在内的9人也收到了逮捕令。天皇的亲属和近臣相继被逮捕，一时间让人预感到似乎天皇也在所难逃。
16日，曾经三次组阁、对动侵华战争负有不可推卸的责任的近卫文在他的宅邸“荻外庄”服毒自尽，逃脱了远东国际军事法庭的审判。
虽然看上去天皇的好日子似乎就要到头了，但是，直到美国人在战后与日本人做了大量肮脏交易的刘建业明白，如果照目前的形势继续展下去，天皇的罪责会在东京审判的过程里中被有意的掩盖下去，并由其他的战犯们承担。这种局面对于渴望把天皇送上军事法庭受审的刘建业来说，是绝对不能接受的。
刘建业为了要对美国政府和麦克阿瑟将军施加强大的舆论压力，不得不从幕后站到前台。
在刘建业的授意之下，中国驻日占领军总部连续多日召开记者招待会，连续向全世界各主要通讯社爆出猛料。
“这些文件都是我们从日本皇宫的御文库和相府的内阁文库里搜查到的。这些文件主要是日本最高决策会议——御前会议的会议记录。文件的内容是关于日本策划并动珍珠港事件的决策过程。”
“这些文件是日本大本营出的大陆命和大海命的文件存档。这些都证明了日本在战争中的每一次大规模军事行动，都是得到了日本天皇的许可和批准。”
“这些文件是日本皇宫御文库保存的日本天皇从天皇本人的私人账户对日本从事细菌战和化学战拨款的证明文件。这直接证明天皇本人不但对于日本在战争期间从事细菌武器和化学武器研究不但知情，而且大力支持。”
“这些文件是日本皇族成员对日本设立在中国东北的从事细菌武器研究和生产的秘密部队进行视察和指导后给日本天皇本人提交的报告。这些文件上都有日本天皇本人的签字和私人印章。”
“这些文件是日本军部向天皇请示如何处理大批同盟国战俘的报告。文件上还有日本天皇对处理战俘的意见。”
“这些文件是日本军队在中国都南京进行大规模的惨无人道的大屠杀以后，日本天皇对如何应对国际舆论压力，隐瞒事实所作的指示。”
“这些文件是日本天皇对九一八事变，一二八事变，卢沟桥事变和南京大屠杀的元凶授勋的证明文件。”
诸如此类的文件接连被刘建业向世界公开，使得各大通讯社的记者们忙得不亦乐乎。
世界舆论也被这些文件所揭示出的事实所震惊。爱好和平的善良人们很难想象一个国家的政府竟然以国家的名义作出了这么多的违反人类所有良知的行为。贼还捉贼，屠杀，虐待战俘，慰安妇，非法强征劳工，化学武器，细菌武器，活人试验，这些只有在最恐怖能出现的画面一个个的被这些公开出来的文件所展现出来。
人们很难理解，这样的一个国家还有什么形象可言？这样的一个国家的国家元为什么还没有被列入战犯名单？
社论，谴责，游行，抗议，尤其是在美国本土上，大规模的民众抗议游行相继在全美的各大城市爆。一些战功卓著的将军也公开表声明，对于日本天皇至今仍然逍遥法外，深表不解。
迫于强大的国际压力，美国总统杜鲁门被迫在白宫南*坪向记者公开表示，盟军驻日最高司令部将对日本天皇的战争罪行予以全面而深入的调查，只要有足够的证据，天皇本人将难以逃脱被送上法庭受审的命运；日本天皇的受审，不代表日本皇室被推翻，日本可以通过另外推选一位天皇的方式解决皇室危机。
而刘建业并没有打算就此收手，只要日本天皇一天没有被送进巢鸭监狱，他是一天也不打算停下。
为了继续施加压力，刘建业每天上下午都要召开一次记者招待会，向等候着的记者们公开一批刚刚整理出来的文件。这些文件无一例外的都是直接指向日本军队和政府的战争罪行，以及日本财阀利用战争强行在受到日本侵略的各国掠夺资源，大战争财的罪行。文件里面相当多的部分都表明日本皇室与这些罪行有着直接或者间接的关系。最惊人的就是日本在战争期间把大量的从东亚和东南亚国家掠夺的黄金珠宝等隐藏在菲律宾山区，试图供以后东山再起之用的“金百合计划”。
所谓“金百合计划”是日本为在战后侵占东亚12国财富而由日本皇室在菲律宾亲自参与的财富侵吞活动，他们将大量的黄金埋藏于诸多岛屿的同时也埋葬了众多参与其中的劳工。
在1895年至1945年间，日本从中国掠夺的财宝最多。日本对中国的掠夺从东北开始，然后波及上海、南京和全国数百个城镇，中国价值数十亿美元的金块、财宝、钻石、色彩多样的宝石、瓷器、艺术品、远古化石、无价的线装典籍、宗教文物和祖传宝贝都成了日本人的囊中之物。除中国内地外，从中国香港地区到新加坡、从马尼拉到雅加达，几乎海外所有华人的居住区也遭到了同样的命运。
文件显示，在二战期间，日本天皇曾经派其叔父到中国抢劫财宝；日本掠夺中国财宝至少包括直接的战争行为、黑吃黑的“黑社会”行为和打着民间搜集幌子的行为；战争期间，日本掠走的中国财宝不计其数，并将其藏匿在菲律宾。
中国人有着喜欢私下里收藏财富的习惯。日本为了得到这些民间财富，曾与中国黑社会合伙打劫，遂造成中国2o世纪三四十年代民间财富大量流失，而且，流失的度和规模前所未有。据文件披露，1937年，日本天皇裕仁及其顾问建立了“金百合”皇家组织，成员包括金融、会计、簿记、船运专家及各种宝物专家，该机构由皇族成员监督，通过操纵日本军队和黑社会来实行，该组织就像挤牙膏似地榨取中国财富。
日本进攻南京前，裕仁天皇将其叔父朝香宫鸠彦亲王派到中国指挥作战。朝香宫鸠彦对手下的命令就是：“给中国兄弟一次永远也不会忘记的教训。”南京大屠杀生。与此同时，“金百合”正在实施，由天皇弟弟秩父宫亲王负责。
在南京，金百合行动第一批执行者就是日本宪兵队。宪兵特别行动小分队扣压中国政府财产，炸开银行库房，抢劫富裕人家的黄金、珠宝、艺术品和货币。书中说：“在这一阶段，秘密宪兵至少搜集了6ooo吨黄金。对这个问题的文件显示，官方报道的掠夺数量往往只是实际数目的一个零头。另外还有无数中国人喜欢储存的小金块、白金、钻石、红宝石、蓝宝石、艺术品和古董也遭抢劫。这些都来自私人家庭和农村的坟墓。日本人做得如此彻底，甚至把尸体镶的金牙也敲下来。”
被抢劫后的中国财宝由上海直接船运日本，或由火车、汽车运往“满洲”处理，稀有金属进行分等，其他的饰被融化后，重新浇铸为统一尺寸的金锭，然后再运回日本。在这个阶段，有数名皇族成员参与监督和执行任务，其中包括天皇的兄弟朝香宫、秩父宫、三笠宫和竹田宫等人。
在南京成为废墟时，中国珍贵藏书、文件等还被严密保护。后来，曾有1ooo多名日本专家来到南京，为日本皇家图书馆优先挑选最珍贵的物品，天皇曾亲自过目最珍贵物品的目录。选中的物品都被一一编号和打包，然后放入防水的箱子里。大约23oo名中国劳工为物品打包，4oo名日本士兵监督，曾用3oo多辆卡车把这些箱子运往上海，然后装船。
这些书的一部分被用来建立位于东京的东亚研究所、东方文化研究所、东亚经济研究所、东亚地方病研究所、大东亚图书馆等。日本至少有17处地方存放这些战时抢来的书籍，其中有日本皇宫、皇室内宫、靖国神社、东京科学博物馆、东京美术学院、早稻田大学、东京帝国大学和庆应大学。保守结论是，日本有3oo万册从中国各地图书馆抢来的珍贵图书和手稿。今天的学者们称日本的图书馆是亚洲最好的，因为日本仅归还了其抢来的图书中的一小部分，大约16万册，不足6%。
日本军方还专门派遣黑社会老大儿玉誉士夫到中国，专门打劫中国黑社会的不义之财。儿玉在中国时，出没于上海和南京之间无防的农村，到城镇和村庄，召集地方士绅，强迫地方把财产“捐献”给天皇。在战争初期，儿玉在飞往日本的飞机上装了太多白金，起飞前起落架曾被压垮。后来，他只搜集最大粒、最优质的红宝石、蓝宝石和钻石，这些储存运回日本时要方便得多。
此外，一些日本大亨也在干同样的勾当，其中就包括住友公司总裁。
这个罪恶计划，开始的时间恰好就是南京大屠杀期间，计划组织者是日本的皇室成员。他们有计划地把亚洲各国的黄金字画、宗教文物运送出国，藏宝的地点选在菲律宾。许多帮着运送宝物以及挖掘地洞的各国劳工与士兵，最后也被杀人灭口，使得这些藏宝之地显得扑朔迷离。这175个皇家藏宝金库，成为日本准备应对战败以后重新崛起的资金保障。
这些文件的披露，使得东南亚各国一片哗然，尤其是作为受日本侵略伤害最深的中国政府立即据此向美国政府和菲律宾政府以及盟军驻日最高司令部提出交涉，要求盟军命令日本必须尽快无条件交换这些被掠夺走的财富。
尽管日本政府和皇室对此进行了多次的抵赖，狡辩说这些文件是中国驻日占领军伪造的，是要给日本政府和皇室的脸面抹黑。但是，一个已经在国际舆论面前彻底没有了形象可言的国家政府和皇室所说的话，还有多少人会相信呢？
针对日本政府和皇室的抵赖狡辩，刘建业并没有直接回击，而是连续不断的继续爆料。一份份的文件向世人显示，究竟是谁在胡扯，是谁在说谎？
这个时候，美国政府也不得不打消了原本的与日本合作吞没这笔带着血的财富的计划，公开表示，将对此进行深入细致的调查，并将在现这些财富以后，将其归还给受到日本掠夺的亚洲各国。
虽然，刘建业的行动获得了意料之中的效果，但是，他的行为也不可避免的触及了美国人的利益，使得他原本与美国人之间的良好合作关系开始产生了一些外界不易察觉的微妙的变化。
12月6日，被任命为国际检察团席检察官的美国人约瑟夫;季南率领手下38人飞抵厚木机场。8日，日军偷袭珍珠港4周年纪念日，麦克阿瑟任命基南为盟军总司令部所属的国际检察局局长，从此加快了对日本战犯嫌疑人的调查取证工作。